Diferencias
Muestra las diferencias entre dos versiones de la página.
| Ambos lados, revisión anterior Revisión previa Próxima revisión | Revisión previa | ||
|
python [2020/05/03 16:54] capuzzi |
python [2025/08/03 14:15] (actual) capuzzi |
||
|---|---|---|---|
| Línea 1: | Línea 1: | ||
| Hay varias posibilidades para correr programas ''python'' en DIRAC | Hay varias posibilidades para correr programas ''python'' en DIRAC | ||
| === Usar python de la distribución OpenHPC === | === Usar python de la distribución OpenHPC === | ||
| - | En este caso se utiliza la versión y módulos que vienen con la distribución de OpenHPC instalada en los nodos de cómputo, actualmente OHPC 1.3.5 . Esta versión proporciona los interpretes ''python2.7'' (python 2.7.5) y ''python3.4'' (python 3.4.10) . Además de los interpretes, hay disponibles preinstalados para todos los usuarios los módulos python scipy, numpy y mpi4py, tanto para python 2 como python 3. Los mismos se distinguen porque empiezan con ''py2-'' o ''py3-'' segun corresponda., como se observan al ejecutar ''module avail py2'' | + | En este caso se utiliza la versión y módulos que vienen con la distribución de OpenHPC instalada en los nodos de cómputo, actualmente OHPC 1.3.5 . Esta versión proporciona los interpretes ''python2.7'' (python 2.7.5) y ''python3.4'' (python 3.4.10). Además de los interpretes, hay disponibles preinstalados para todos los usuarios los módulos python scipy, numpy y mpi4py, tanto para python 2 como python 3. Los mismos se distinguen porque empiezan con ''py2-'' o ''py3-'' segun corresponda., como se observan al ejecutar ''module avail py2'' |
| <code> | <code> | ||
| Línea 32: | Línea 32: | ||
| </code> | </code> | ||
| + | La distribución base Centos7 también ofrece la version python3.6, para lo cual también están disponibles numpy, scipy y mpi4py , cargando los módulos py36-numpy, py36-scipy y py36-mpi4py, respectivamente. | ||
| + | |||
| + | Para versiones más recientes de python o para paquetes más específicos se recomienda las opciones que siguen: | ||
| ===Usar python de la distribución ''Anaconda'' instalada === | ===Usar python de la distribución ''Anaconda'' instalada === | ||
| Línea 39: | Línea 42: | ||
| --------------------------------------------------- /opt/ohpc/pub/apps/modules/all --------------------------------------------------- | --------------------------------------------------- /opt/ohpc/pub/apps/modules/all --------------------------------------------------- | ||
| - | Anaconda2/5.1.0 Anaconda3/5.1.0 Anaconda3/5.3.0 (D) Anaconda3/5.3.1 Anaconda3/2019.10 | + | Anaconda2/5.1.0 Anaconda3/5.3.0 Anaconda3/2019.10 Anaconda3/2022.10 Anaconda3/2024.6 |
| + | Anaconda3/5.1.0 Anaconda3/5.3.1 (D) Anaconda3/2021.11 Anaconda3/2024.6.OOD | ||
| Where: | Where: | ||
| Línea 54: | Línea 58: | ||
| </code> | </code> | ||
| Entonces, para correr un job en el cluster basta con cargar el Anaconda y usar el interprete python a secas, estos cambios se deben realizar dentro del archivo de job. | Entonces, para correr un job en el cluster basta con cargar el Anaconda y usar el interprete python a secas, estos cambios se deben realizar dentro del archivo de job. | ||
| + | === Usar python de una compilación local en Dirac === | ||
| + | Recientemente (2025) hemos incorporado versiones de python compiladas en el cluster. Estas versiones son particularmente útiles para quienes necesiten usar programas que mezclan python con lenguajes ''C'', ''C++'', ''Fortran'' y utilicen MPI, ya que usa las mismas versiones de compiladores y MPI que maneja el cluster, y no aquellas que puedan provenir de Anaconda. | ||
| + | Actualmente, existen versiones para python 3.10 y 3.12, para utilizarlo basta con cargar el modulo correspondiente. | ||
| + | <code> | ||
| + | module load Python3/3.10 | ||
| + | </code> | ||
| + | o | ||
| + | <code> | ||
| + | module load Python3/3.12 | ||
| + | </code> | ||
| + | | ||
| === Personalización del entorno y paquetes === | === Personalización del entorno y paquetes === | ||
| Si bien la distribución Anaconda y los paquetes de OHPC proveen muchos módulos python, es frecuente que el usuario necesite instalar alguna otra versión o algún otro módulo. En este caso hay varias opciones: | Si bien la distribución Anaconda y los paquetes de OHPC proveen muchos módulos python, es frecuente que el usuario necesite instalar alguna otra versión o algún otro módulo. En este caso hay varias opciones: | ||
| - | * La **opción más sencilla** es utilizar el comando ''pip '' pagregando la opción --user para instalar un paquete en el espacio de usuario. Por ejemplo si quisiera instalar el paquete ''fantastico'' que no viene preinstalado, bastaría con ejecutar. | + | * La **opción más sencilla** es utilizar el comando ''pip '' pagregando la opción ''--user'' para instalar un paquete en el espacio de usuario. Por ejemplo si quisiera instalar el paquete ''fantastico'' que no viene preinstalado, bastaría con ejecutar. |
| <code> | <code> | ||
| pip install fantastico --user | pip install fantastico --user | ||